徐市率领的庞大船队，带着始皇无限的期望和帝国的海量资源，消失在了茫茫东海之上。起初，还有零星的消息传回，言说船队遭遇风浪，或远远望见奇异海岛云云，更增添了咸阳宫中的期待氛围。始皇每日都要询问是否有东海来的消息，对徐市能否成功求得仙药寄予厚望。
然而，月复一月，年复一年，徐市的船队如同石沉大海，再无任何确切的音讯传回。希望，在漫长的等待中，逐渐变成了焦虑，又从焦虑化为了猜疑，最终酝酿成了无法抑制的愤怒。
与之相伴的是，其他方士的骗局也开始陆续败露。卢生和另一位方士**侯生**，私下议论始皇“刚愎自用”、“专任狱吏”、“贪于权势”，认为为其求仙药根本不可能成功。这些议论不知如何传到了始皇耳中，龙颜震怒！
“朕待这些方士不满，赐予厚禄，委以重任！他们竟敢在背后如此诽谤于朕！”始皇暴跳如雷，“什么仙药！什么真人！统统都是骗局！”
他立刻下令御史逮捕所有在咸阳的方士，严加审讯。严刑拷打之下，方士们互相告发，攀扯出更多的人。最终，查出有四百六十多名方士和儒生（因一些儒生也参与议论朝政）犯有“为妖言以乱黔首”的罪行。
盛怒之下的始皇，失去了所有耐心。他不再区分主从，也不再核查具体案情，做出了一个极其残酷的决定：将这批人全部**坑杀**（活埋）于咸阳！以此警示天下，凡敢欺骗皇帝、诽谤朝政者，皆是此等下场！
这一日，咸阳城外，一片愁云惨雾。四百多名被定为有罪的方士、儒生，被剥去衣冠，捆绑着押赴早已挖好的大坑旁。哭喊声、咒骂声、求饶声混杂在一起，闻者无不心惊胆战。一些人的家属远远跪在警戒线外，哭声震天，却无法改变任何结果。
李斯站在城墙上，远远望着这惨烈的一幕，心中五味杂陈。这些方士固然可恨，其欺骗行为耗费国帑，蛊惑君心，罪有应得。但其中也夹杂着一些只是发表了不同政见的儒生，如此不分青红皂白地大规模坑杀，手段过于酷烈，必然会在士人阶层中引起极大的恐慌和仇恨，进一步撕裂朝廷与知识阶层的关系。
然而，他知道此刻的始皇什么都听不进去。皇帝的愤怒需要宣泄，而这场血腥的坑杀，便是最直接的宣泄方式。李斯只能沉默。他注意到，赵高并未出现在城墙上，或许，他正躲在某个角落，冷眼旁观着这场由他一定程度上助推而引发的灾难，并从中汲取着巩固自身权力的经验——顺我者昌，逆我者亡，皇帝的无上权威，便是最有效的工具。
坑杀的烟尘尚未散尽，关于徐市船队的最终消息，也以一种近乎讽刺的方式传来了。有从海上侥幸归来的船员（并非徐市主力船队）带回消息，称徐市的船队可能遭遇了特大风暴，部分船只沉没，余者不知所踪。也有传言说，徐市根本未曾去寻找仙山，而是带着那三千童男童女和大量物资，漂流到了“平原广泽”（很可能是指日本列岛），在那里自立为王，再也不回来了。
无论真相如何，徐市求取仙药的使命，彻底以失败告终。始皇投入的巨大成本，包括那三千无辜的童男童女，都如同投入东海的石子，连一丝涟漪都未曾为他带回。
求仙之路的彻底破灭，以及被方士欺骗的耻辱感，极大地刺激了始皇。他变得更加多疑、暴戾，对臣下的言辞也更加敏感。他不再相信那些虚无缥缈的承诺，转而更加疯狂地追求现世的享乐和帝国的永恒，阿房宫的修建加快了进度，对民力的征用也变本加厉。同时，他对死亡的恐惧也达到了顶点，开始秘密筹划规模空前的骊山陵墓，希望在那地下世界里，继续他至高无上的统治。
东海寻药，终成泡影。留下的，是一个更加孤独、更加偏执、也更加接近生命终点的帝王，以及一个在沉重负担和思想高压下，暗流汹涌、危机四伏的庞大帝国。