当小智骑着喷火龙穿越层层乌云降落在小镇边缘时，扑面而来的是一股令人窒息的腐朽气息。这座曾经生机勃勃的农业小镇如今仿佛被某种无形的阴影笼罩着，街道上弥漫着诡异的寂静，连往日欢快的波波叫声都消失无踪。
小智蹲下身，指尖轻触路边一棵正在枯萎的果树。树皮在他触碰的瞬间竟如灰烬般剥落，露出内部发黑的木质。这不对劲...他喃喃自语，皮卡丘也警觉地竖起耳朵，电气袋闪烁着不稳定的电光。
就在此时，一阵急促的咳嗽声从巷口传来。只见一位佝偻着背的老人拄着拐杖艰难前行，他的裤腿上沾满泥土，显然刚从田间赶来。当老人浑浊的目光与小智相遇时，布满皱纹的脸上突然浮现出难以置信的神情。
训练家大人！老人踉跄着扑过来，干枯的双手紧紧抓住小智的衣袖，三天前开始，田里的作物突然全部枯死，紧接着镇上的宝可梦们...老人哽咽着指向广场方向，那里横七竖八躺着数十只不同种类的宝可梦，它们的呼吸微弱得几乎难以察觉。
小智快步奔向广场中央，敏锐地注意到地面有奇怪的紫色纹路。他单膝跪地检查一只昏迷的咩利羊，发现它蓝色的绒毛正在逐渐褪色。是生命能量在流失！小智立即从背包取出全套医疗设备，但高级伤药刚注入咩利羊体内就被某种力量迅速中和。
皮卡...丘...搭档宝可梦虚弱地靠在他腿边，原本明亮的眼眸也蒙上了一层阴翳。小智这才惊觉皮卡丘的状态同样异常，他毫不犹豫地启动通讯手环，全息投影中立即显现出大木博士惊讶的面容。
博士！请求立即启动紧急医疗协议！小智语速飞快地汇报着现场情况，同时将扫描数据实时传输，初步判断是某种能量污染，需要乔伊家族最顶级的净化装置！
研究所内，正在整理数据的小茂被突如其来的警报声惊动。监控屏幕上闪烁的红色警告标志与小智罕见的慌乱神情让他瞬间绷紧了神经。启动全区域扫描！小茂迅速调出卫星地图，修长的手指在控制台上飞舞，把方圆二十公里内的能量波动全部标记出来！
与此同时，小智注意到镇子北面的天空隐约泛着不自然的紫光。他轻轻扶起奄奄一息的肯泰罗，发现这头曾经威风凛凛的宝可梦此刻连站立都困难，三根尾巴无力地垂在地面。坚持住...小智从腰间取出精灵球，喷火龙，带我去北面查看情况！
小智终于发现了问题的根源。一头漆黑的污水正源源不断地污染着这片土地，而污染源竟然来自一家隐蔽的私人化工厂。
他立即返回村庄求证：请问这附近是不是有一家工厂？村民的回答证实了他的猜测。他们自称是生态环保工厂？小智追问道。
通过波纹力量的感知，小智清晰地察觉到这片土地的生机正在迅速消逝。更令人震惊的是，工厂竟然还在疯狂开采地下矿物资源，这种破坏性的行为彻底摧毁了当地的生态环境。难怪附近的宝可梦都相继生病，它们一定是摄入了被污染的食物和水源。
就在这时，几个孩子抱着生病的宝可梦围了上来。求求你救救我的妙蛙种子！一个小女孩泪眼婆娑地抱着虚弱的杰尼龟哀求道。小智能真切地感受到村民们对宝可梦的关爱之情，这让他更加坚定了决心。
老大，出什么事了？工厂那边，手下慌张地报告：有个训练家正在村里调查！工厂负责人脸色骤变：绝对不能让他发现真相！
正当小智专心为宝可梦治疗时，一辆黑色轿车突然驶来。一个西装革履的男人走下车，假惺惺地说：你好，我是工厂的负责人。不如我们做个交易，只要你离开这里，我们愿意支付100万联盟币。然而小智连头都没抬，继续专注地为宝可梦治疗，眼中燃烧着愤怒的火焰。
见这个年轻训练家如此无视自己，男人恼羞成怒：喂！你这是什么态度？
皮卡丘，别让他妨碍我们！喷火龙，来帮忙！小智沉着地指挥道。皮卡丘和喷火龙立即会意，摆出了战斗姿态。
看来不给你点教训，你是不知道天高地厚了！男人气急败坏地吼道，给我好好教训这个不知天高地厚的训练家！
龙岩怒不可遏地厉声喝道：给我好好教训这个不知天高地厚的家伙！竟敢如此无视我！周围的群众纷纷后退，脸上写满了恐惧——他们深知这些权贵向来视平民如草芥。
小智眉头紧锁，焦急地对皮卡丘喊道：速战速决！使用十万伏特！耀眼的电光划破长空，狂暴的电流将大地撕裂；喷火龙随即喷吐出炽热的烈焰，两股力量交织在一起，爆发出惊人的能量。
这怎么可能？对手难以置信地瞪大眼睛，他们竟然都拥有冠军级别的实力！随即仓皇逃窜，我们快撤！
与此同时，敏锐的皮卡丘察觉到小智的异常。只见小智正手忙脚乱地为所有宝可梦治疗，却始终不见效果。小茂，你们得快些赶来...小智虚弱地喃喃自语。
远在另一处的小茂和小霞突然心头一紧，不约而同地惊呼：小智出事了！两人当机立断，直接破开车门：小火马，拜托了！小刚明白了。
什么？竟敢不给我面子？幕后黑手阴森地冷笑，那就永远留在这里吧！不过是个普通训练家...手下犹豫道：可是老大，那只皮卡丘似乎不太一般...
废物！首领怒斥道，区区皮卡丘能有什么特别？连这都搞不定！他恶狠狠地按下通我讯器：我会派精英部队支援。这次，定要一雪前耻！话音未落，直升机轰鸣声由远及近，数名彪形大汉从天而降。