垂拱元年，公元685年春季正月，丁未朔日，朝廷大赦天下，更改年号为垂拱。
太后认为徐思文对朝廷忠诚，特地免除了他因受徐敬业牵连而被治罪的惩罚，任命他为司仆少卿。太后对他说：“徐敬业曾改你的姓氏为武，朕如今不再剥夺这个姓氏。”
戊辰日，文昌左相、同凤阁鸾台三品乐城文献公刘仁轨去世。
二月癸未日，太后下制书：“朝堂上设置的登闻鼓和肺石，不需要派人看守，有击鼓或站在石上鸣冤的人，命令御史接收诉状并上报。”乙巳日，朝廷任命春官尚书武承嗣、秋官尚书裴居道、右肃政大夫韦思谦同为同凤阁鸾台三品。
突厥阿史那骨笃禄等人多次侵犯边境；朝廷任命左玉钤卫中郎将淳于处平为阳曲道行军总管，率军攻打突厥。正谏大夫、同平章事沈君谅被罢免职务。
三月，正谏大夫、同平章事崔詧被罢免职务。丙辰日，朝廷将庐陵王李显迁移到房州。辛酉日，武承嗣被罢免职务。辛未日，朝廷颁布《垂拱格》。
朝廷中有官员被贬职后到宰相那里申诉，内史骞味道说：“这是太后的决定。”同中书门下三品刘祎之说：“因牵连而改任官职，是由臣下奏请的。”太后听说这件事后，夏季四月，丙子日，将骞味道贬为青州刺史，晋升刘祎之为太中大夫。太后对身边的大臣说：“君臣本为一体，怎能把过错推给君主，把功劳归于自己呢！”
癸未日，突厥军队侵犯代州；淳于处平率军援救，行军到忻州时，被突厥军队打败，阵亡的士兵有五千多人。
五月丙午日，朝廷任命裴居道为内史。纳言王德真被流放到象州。己酉日，朝廷任命冬官尚书苏良嗣为纳言。壬戌日，太后下制书，命令朝廷内外九品以上的官员以及百姓，都可以自我举荐求官。壬申日，韦方质被任命为同凤阁鸾台三品。
六月，天官尚书韦待价被任命为同凤阁鸾台三品。韦待价是韦万石的兄长。
同罗、仆固等部族发动叛乱；朝廷派遣左豹韬卫将军刘敬同征调河西的骑兵从居延海出兵讨伐他们，同罗、仆固等部族全部溃败逃散。朝廷下令将安北都护府侨设在同城，用来接纳投降的部族。
秋季七月，己酉日，朝廷任命文昌左丞魏玄同为鸾台侍郎、同凤阁鸾台三品。太后下诏，从今以后祭祀天地时，都要以高祖、太宗、高宗三位皇帝配享；这是采纳了凤阁舍人元万顷等人的建议。
九月丁卯日，广州都督王果率军讨伐反叛的獠人，平定了叛乱。
冬季十一月，癸卯日，朝廷任命天官尚书韦待价为燕然道行军大总管，率军讨伐突厥。当初，西突厥的兴昔亡、继往绝可汗去世后，十姓部族没有首领，部落大多离散逃亡，太后于是提拔兴昔亡可汗的儿子左豹韬卫翊府中郎将元庆为左玉钤卫将军，兼任崐陵都护，承袭兴昔亡可汗的爵位，统辖咄陆部落。
麟台正字射洪人陈子昂上奏疏，认为：“朝廷派遣使者巡察四方，不能任用不称职的人，刺史、县令的人选也必须严格挑选。近年来百姓因连年征战而疲惫不堪，必须让他们休养生息。”奏疏的大致内容是：“如果派遣的使者人选不当，就会导致官员的升降奖惩不公正，刑罚处置失当，结党营私的人得到提拔，忠贞正直的人遭到贬斥；只会让百姓忙着修整道路，迎来送往，毫无益处。谚语说：‘要了解君主的贤明与否，就看他所派遣的使者。’选派使者不能不慎重啊。”奏疏又说：“宰相是陛下的心腹重臣；刺史、县令是陛下的手足；没有心腹手足，君主是无法独自治理天下的。”又说：“天下存在着危机，祸福就由此产生，局势安定就会有福，局势动荡就会有祸，而百姓的安定与否正是决定局势的关键。百姓安居乐业，就会珍惜生命；百姓生活困苦，就会轻视死亡，一旦轻视死亡，就会无所顾忌，邪恶叛逆之徒就会趁机作乱，天下就会陷入混乱！”又说：“隋炀帝不知道天下存在危机，却信任贪婪奸佞的大臣，希望获取征服夷狄的利益，最终导致国家灭亡，这个惨痛的教训难道还不够深刻吗！”
太后重修原来的白马寺，任命僧人怀义为寺主。怀义是鄠县人，原本姓冯，名叫小宝，在洛阳街市上靠卖药为生，通过千金公主的引荐，得到了太后的宠幸；太后想让他能够自由出入皇宫，就把他剃度为僧，取名怀义。又因为他出身贫寒低贱，就下令让他和驸马都尉薛绍合为一族，命令薛绍把他当作叔父来侍奉。怀义出入皇宫时乘坐皇帝专用的马匹，有十几名宦官侍从，百姓遇到他都纷纷躲避，有谁敢靠近他，就会被他的随从殴打，打得头破血流，然后被丢弃在路边，任凭其生死。怀义见到道士就肆意殴打，还把道士的头发剃光才罢休。朝中的权贵都趴在地上向他行礼参拜，武承嗣、武三思都像奴仆一样侍奉他，亲自为他牵马，怀义却对他们视而不见。他聚集了很多无赖少年，把他们剃度为僧，这些人横行霸道，触犯法律，却没有人敢过问。右台御史冯思勖多次依法惩治他们，怀义在路上遇到冯思勖，就命令随从殴打他，差点把他打死。
垂拱二年，公元686年春季正月，太后下诏将朝政大权归还给皇帝。睿宗李旦知道太后并非真心实意，于是上表坚决推辞；太后再次临朝，行使皇帝的权力。辛酉日，朝廷大赦天下。
二月，辛未朔日，出现日食。右卫大将军李孝逸平定徐敬业叛乱后，声望极高；武承嗣等人十分忌恨他，多次在太后面前诬陷他，李孝逸被贬为施州刺史。
三月戊申日，太后下令铸造铜制的意见箱，放置在朝堂上，用来接收天下人的奏疏。铜匦的东面刻着“延恩”，进献赋颂文章、谋求官职的人可以将奏疏投入其中；南面刻着“招谏”，议论朝政得失的人可以将奏疏投入其中；西面刻着“伸冤”，有冤屈的人可以将奏疏投入其中；北面刻着“通玄”，谈论天象灾变以及军机秘计的人可以将奏疏投入其中。太后命令正谏大夫、补阙、拾遗各一人负责管理铜匦，投奏疏的人必须先经过官员验证身份，才能将奏疏投入。
徐敬业叛乱时，侍御史鱼承晔的儿子鱼保家教徐敬业制造刀车和弩箭，徐敬业战败后，鱼保家侥幸逃脱。太后想要全面了解民间的情况，鱼保家于是上书，请求铸造铜匦来接收天下人的秘密奏报。这个铜匦整体是一个大箱子，内部有四个隔层，每个隔层的上面都有一个开口，用来接收奏疏，奏疏一旦投入就无法取出。太后很赞赏这个主意。没过多久，鱼保家的仇人向铜匦投递奏疏，告发鱼保家曾为徐敬业制造兵器，导致官军伤亡惨重，鱼保家最终被处死。
太后自从徐敬业叛乱后，怀疑天下人大多图谋反对自己，又因为自己长期独揽朝政，而且私生活不端，知道宗室大臣心怀怨恨，内心不服，就打算大规模诛杀异己来威慑他们。于是太后大开告密之门，有前来告密的人，大臣们不得过问，都供给他们驿马，按照五品官的标准供应饮食，让他们前往太后的行宫。即使是农夫、樵夫，都可以得到太后的召见，在客馆里供给食宿，只要所奏之事符合太后的心意，就可以破格提拔任用，即使所言不实，也不追究责任。于是四面八方的告密者蜂拥而起，人们都吓得双脚并拢站立，连呼吸都不敢大声。
有个名叫索元礼的胡人，知道太后的心思，趁机前来告密，得到太后的召见，被提拔为游击将军，奉命审理钦犯监狱的案件。索元礼生性残忍，审讯一个人必定会让他牵连出几十上百人，太后多次召见并赏赐他，来扩大他的权势。于是尚书都事长安人周兴、万年人来俊臣之流纷纷效仿，一时间酷吏层出不穷。周兴接连升官至秋官侍郎，来俊臣接连升官至御史中丞，他们私下豢养了几百名无赖之徒，专门从事告密活动；想要诬陷某个人，就命令手下在多个地方同时告密，而且所告的内容完全相同。来俊臣和司刑评事洛阳人万国俊共同编撰了几千字的《罗织经》，教他们的门徒如何罗织无辜之人的罪名，编造谋反的罪状，编排布置得有板有眼，各种细节一应俱全。太后得到告密的奏疏后，就命令索元礼等人审理，这些人争相发明残酷的刑讯逼供手段，制作了各种大枷，有“定百脉”“突地吼”“死猪愁”“求破家”“反是实”等名目，有的用木椽锁住犯人的手脚再转动，称之为“凤凰晒翅”；有的用东西绊住犯人的腰部，牵拉着枷锁向前，称之为“驴驹拔撅”；有的让犯人跪着捧起枷锁，在上面堆叠瓦片，称之为“仙人献果”；有的让犯人站在高高的木杆上，牵拉着枷锁的尾部向后，称之为“玉女登梯”；有的把犯人倒吊起来，在头上悬挂石头，有的用醋灌犯人的鼻子，有的用铁圈箍住犯人的脑袋再往里面加木楔，甚至有人被折磨得脑浆迸裂。每次抓到囚犯，就先把这些刑具展示给他们看，囚犯们都吓得浑身发抖、汗流浃背，不等审讯就屈打成招。每当朝廷颁布大赦令，来俊臣就会命令狱卒先杀死罪重的囚犯，然后再宣读赦令。太后认为他们忠心耿耿，越发宠信重用他们。朝廷内外的官员百姓都畏惧这几个人，比畏惧虎狼还要厉害。
麟台正字陈子昂上奏疏，认为：“主事者痛恨徐敬业带头作乱、煽动祸患，想要根除奸邪的根源，追究他的党羽，于是让陛下大开监狱，加重刑罚，只要行为稍有嫌疑、言辞相互牵连的人，无不被彻底逮捕、拷问审查。以至于有奸邪小人趁机蛊惑人心，凭借险恶用心诬陷他人，检举告发疑似之人，企图谋求爵位赏赐，这恐怕不符合讨伐罪人、抚慰百姓的本意。臣私下观察当今天下，百姓盼望安定已经很久了，所以扬州的叛乱持续了将近五十天，而天下依然安然无恙，没有丝毫动荡，陛下不致力于清静无为来安抚疲惫的百姓，反而滥用严刑峻法，让百姓失望，臣愚昧无知，对此深感困惑。臣看到各地前来告密的案件，被囚禁的人多达上千，然而追查到底，一百件中没有一件是属实的。陛下仁慈宽厚，又放宽法律容忍这些诬告之人，于是让奸恶之徒肆意报复仇怨，即使是微不足道的小仇怨，也声称有秘密要告发，一个人被控告，就会有上百人被关进监狱，奉命抓捕犯人的使者络绎不绝，官服车马挤满了街市。有人说陛下为了安抚一个告密的人，却害了上百个无辜之人，天下百姓都翘首以盼，却不知道哪里才有安宁的地方。臣听说隋朝末年，天下尚且太平，杨玄感发动叛乱，不到一个月就失败了。当时天下的弊病，还没有到土崩瓦解的地步，百姓的心里，仍然希望安居乐业。隋炀帝却执迷不悟，于是派兵部尚书樊子盖专事杀戮，大肆追查杨玄感的党羽，天下的豪杰之士，无不遭受灾祸；最终导致杀人如麻，鲜血流成河，天下百姓人心涣散，开始想要作乱，于是英雄豪杰纷纷起兵，隋朝就此灭亡。大狱一旦兴起，就不可能没有滥杀无辜的情况，蒙冤之人的悲叹，会损伤天地间的祥和之气，导致瘟疫流行，水旱灾害接踵而至。百姓失去生计后，叛乱的念头就会不由自主地产生。古代圣明的君主之所以慎重对待刑罚，就是害怕出现这样的情况啊。从前汉武帝时期发生巫蛊之祸，致使太子被迫出逃，宫廷之内发生战乱，无辜被害的人多达上千万，国家社稷几乎倾覆，幸亏汉武帝后来看到了壶关三老的上书，幡然醒悟，诛杀了江充三族，不再追究其他案件，天下才得以安定。古人说：‘不忘记过去的事情，就是以后行事的借鉴。’希望陛下能够三思！”太后没有采纳他的建议。
夏季四月，太后下令铸造大仪钟，放置在皇宫的北门外。朝廷任命岑长倩为内史。六月辛未日，任命苏良嗣为左相，同凤阁鸾台三品韦待价为右相。己卯日，任命韦思谦为纳言。
苏良嗣在朝堂上遇到僧人怀义，怀义态度傲慢，不行礼参拜；苏良嗣勃然大怒，命令手下揪住怀义，把他拖拽出去，打了他几十个耳光。怀义向太后哭诉，太后说：“你应当从北门出入，南牙是宰相们往来的地方，不要去冒犯他们。”
太后借口怀义心灵手巧，让他进入皇宫负责营造事务。补阙长社人王求礼上奏表，认为：“太宗皇帝在位时，有个叫罗黑黑的人擅长弹奏琵琶，太宗就把他阉割后任命为内侍，让他教导宫女。陛下如果因为怀义心灵手巧，想要让他在宫中供驱使，臣请求将他阉割，这样或许才不会扰乱宫廷秩序。”奏表被压下来，没有上报。
秋季九月，丁未日，朝廷任命西突厥继往绝可汗的儿子斛瑟罗为右玉钤卫将军，承袭继往绝可汗的爵位，统辖五弩失毕部落。
己巳日，雍州上报说新丰县东南有一座山突然隆起，朝廷于是将新丰县改名为庆山县。天下各地都前来祝贺。江陵人俞文俊上书说：“天气不协调就会寒暑交替失常，人体不协调就会长出赘疣，大地不协调就会隆起土丘。如今陛下以女子的身份居于君主的阳位，颠倒了阴阳刚柔的秩序，所以大地之气壅塞阻隔，导致山崩地裂成为灾害。陛下却称之为‘庆山’，臣认为这并非吉庆之兆。臣愚昧地认为陛下应当躬身反省，修养德行，来回应上天的谴责；否则，灾祸就会降临！”太后大怒，将俞文俊流放到岭南，后来俞文俊被六道使杀害。
突厥军队入侵，左鹰扬卫大将军黑齿常之率军抵抗；行军到两井时，遭遇三千多名突厥士兵，突厥士兵见到唐军后，都下马穿上铠甲准备迎战，黑齿常之率领二百多名骑兵发起冲锋，突厥士兵都丢盔弃甲，仓皇逃跑。到了傍晚，大批突厥军队赶到，黑齿常之命令军营中燃起烽火，东南方向也有火光升起，突厥人怀疑有唐军援兵接应，于是连夜逃走。
狄仁杰担任宁州刺史。右台监察御史晋陵人郭翰巡察陇右地区，所到之处弹劾了很多不称职的官员，进入宁州境内后，沿途都是歌颂刺史美德的老人；郭翰于是向朝廷举荐狄仁杰，朝廷征召狄仁杰入朝，任命他为冬官侍郎。