金陵书生李慕白，字素尘，乃弘治年间一寒士。夜读《淮南子》至“方舟济江”篇，忽见星陨如雨，有赤光贯紫微。案头铜壶滴漏竟倒旋三周，青瓷灯焰作碧色。惊觉周身云气缭绕，再睁眼时，已卧于锦帐绣褥之间，檀香氤氲，耳畔环佩叮咚。
忽闻娇声唤道：“郎君醒矣！”但见数名梳双鬟着襦裙的侍女掀帘而入，手捧金盆玉盂。李生愕然问道：“此何处耶？”侍女掩口笑答：“郎君莫不是醉糊涂了，此乃自家府邸，您是当朝太傅嫡孙，新科探花李文渊啊。”生暗忖岂是南柯一梦，然触手所及雕栏皆温润如玉，窗外九曲回廊直通水榭，分明是王侯第宅。
正惶惑间，有老仆疾步入内：“少爷速更衣，圣旨即刻便到！”众侍急忙为其换上绯色云雁纹锦袍，系金带钩。方至中堂，果然见黄门侍郎持敕书而至。原来新科进士皆授官职，李文渊竟被破格擢为翰林院修撰兼太子侍读。生暗惊史书所载弘治朝从未有如此年少之侍读，莫非时空错乱至此？
翌日入宫谢恩，经玄武门时忽闻马蹄急促。但见一队缇骑押着囚车驰过，车内老者虽蓬头垢面仍难掩清癯之气。旁有百姓窃语：“杨阁老竟落得如此下场…”生猛然记起《明史·奸佞传》载有弘治朝兵部尚书杨继盛遭诬陷之事，暗忖莫非穿越至平行时空？
太子朱载堉年方十四，聪颖好学者。一日讲《孟子》至“民为贵”章，忽屏退左右问：“先生可信世间有穿梭时空之事？”生心中剧震，太子乃取一青铜罗盘示之：“此物乃钦天监秘藏，昨夜忽发异光，盘针指向先生府邸。”生见罗盘刻有二十八宿星图，中心嵌着与他穿越那夜所见相似的陨铁，顿时汗出如浆。
中秋宫宴，生奉命作应制诗。正吟哦间，突闻殿外喧哗。但见西北天际赤芒裂空，有流火坠于西山。钦天监正疾步上奏：“荧惑犯太微，主刀兵之灾！”座中武安侯冷笑道：“恰逢鞑靼犯边，天象岂不相应？”生瞥见那侯爷腰间玉佩竟与他现代所见某博物馆藏文物完全相同，心下疑云丛生。
翌日京城传言四起，称西山坠落之物乃天帝宝镜，得之可窥未来。生夜访太子，二人密谈至三更。忽有黑衣刺客破窗而入，剑锋直指储君。生情急抓起案上罗盘格挡，竟激射七彩光华。刺客面巾滑落，额间刺青正是史书所载白莲教标记。趁乱间太子低语：“武安侯恐有异志…”
九月重阳，生随驾幸香山。行至红叶深处，忽遇一樵夫歌曰：“三生石上旧精魂，赏月吟风莫要论…”腔调奇特竟似现代民歌。生假借更衣遁入林间，那樵夫拄斧笑道：“李先生可知平行世界之说？”旋即正色道：“此处原是正德朝时空，因陨星撞击产生裂隙，汝之穿越实非偶然。”
原来西山陨铁乃时空锚点，武安侯得异人相助欲篡改历史。若让其集齐三块陨铁，便可操纵时空。生急问：“另两块在何处？”樵夫化身为一道士，指间浮现全息星图：“一块铸成传国玉玺，藏于紫禁城密道；另一块...”话音未落，忽有弩箭破空而来，道士瞬间消失于量子涟漪中。
生归府后夜不能寐，忽闻屋顶瓦响。飞身跃出窗外，但见明月下一女子身影伶俐，襟前绣着织造局纹样。追逐间女子遗落香囊，内藏绢书曰：“侯爷欲借鞑靼之力取玉玺。”生猛记起史载弘治朝有宫女沈氏通晓机械，曾造飞天木鸢。次日查访织造局，果见沈女史正在调试一具青铜浑天仪。
沈氏坦言乃穿越者协会成员，本欲修复时空裂隙，却发现武安侯麾下竟有未来科技。二人夜探侯府地窖，透过琉璃窗见室内布满晶屏线路，中央悬浮着块陨铁正发出幽蓝光束。武安侯之声蓦然响起：“既来之，则安之...”四周骤降钛合金栅栏，墙壁伸出粒子炮口。
危急时刻沈氏发髻中射出纳米丝线，切裂通风管道。二人钻入地下河时，见水底沉船竟为现代潜艇残骸。沈氏苦笑：“此乃前次时空事故遗物，武安侯得之故能识破我等。”生忽见舱内日志记载着“公元2345年时空勘探舰”，残存全息影像显示舰长容貌与樵夫道士一般无二。
腊月祭天大典，武安侯突然发难。控制禁军围困天坛，挟天子以令诸侯。生携太子密道遁走，却见传国玉玺早已被调包。沈氏用3d打印仿制假玉玺引开追兵，三人驾木鸢飞往南京。途中遭遇雷暴，迫降于曲阜孔庙。夜半闻圣像后有机括声，竟发现真玉玺藏于至圣先师手中书卷内。
原来孔家世代守护时空秘钥，当代衍圣公出示竹简记载：“陨星三现，天命改易”。言及成化年间曾有星坠洙泗，当地百姓见巨人自火光中走出。生猛然醒悟武安侯或是未来基因改造人，故能力拔山兮。衍圣公赠予古琴一张，弦乃陨铁抽丝所致，弹奏可干扰时空设备。
元宵佳节，武安侯逼宫在即。生与沈氏混入皇城，见午门架起巨型天线。侯爷狂笑：“今日便开启时空之门，迎未来军团！”生急抚古琴，声波使天线火花四溅。太子突然现身太和殿顶，高举真玉玺朗声道：“太祖托梦，逆贼当诛！”玉玺与琴音共振，引发电磁风暴。
武安侯现出机械臂，发射激光束。生扑倒太子间，怀中西山陨铁突然跃出，三块陨铁于空中形成奇异几何体。炫目白光中浮现全息投影，显示武安侯实为2345年逃亡战犯，欲篡改历史建立独裁政权。此时真正时空管理局舰队破云而出，未来战士降下光牢擒获逆贼。
时空修复之际，管理局总监现身（正是樵夫道士）坦言：“历史线已重置，阁下可选择留下或返回。”生望见太子期盼目光，又见沈氏眼波流转，忽然长揖及地：“慕白愿留此匡扶正道。”总监笑掷一平板电脑：“赠尔未来百科全书，好自为之。”
新帝登基后，生官拜内阁首辅。与沈氏完婚之日，收到未来世界贺礼——基因优化药剂。夫妻二人携手推行改革，铸蒸汽机、开航海术，竟使大明提前步入工业革命。某夜生忽见平板电脑弹出提示：“时空稳定性98%，可开启有限通讯...”屏上赫然显示着现代父母容颜。
弘治皇帝驾崩前，生献上延寿药剂。帝却含笑推拒：“天命不可违。”崩逝那日，紫禁城飘落七彩雪尘，空中传来总监语音：“历史节点稳固，奖励时空旅行权限。”生与夫人相视一笑，登入突然出现的时光舱。舱门关闭之际，隐约可见《明史·李文渊传》最后一行墨迹未干：“世传其乘龙而去，永乐大钟自鸣九九八十一响...”
2012年秋，南京博物院接收匿名捐赠品。其中有个钛合金匣，内藏弘治朝首辅夫妇朝服画像。x光扫描显示画中夹着张记忆芯片，破译后竟是篇《时空穿行记》。馆长夜巡时，似见一对古装男女笑抚玻璃展柜，转身却唯见监控屏幕雪花闪烁。翌晨，馆中明代浑天仪突然自行运转，指针永恒定格在公元1500年与2025年之间。