神秘组织的覆灭看似让城市恢复了平静，但柯南和他的伙伴们深知，这不过是暴风雨来临前短暂的宁静。在对神秘组织成员的审讯中，虽然获取了一些关于他们行动的细节，但对于背后是否还有更庞大的势力操纵，依旧毫无头绪。
柯南回到毛利侦探事务所，习惯性地坐在桌前，将所有线索在脑海中重新梳理。那些神秘组织的奇怪符号、能量装置的用途以及他们与黑衣组织千丝万缕的联系，像一团乱麻，让他头疼不已。这时，小兰端着一杯热咖啡走进来，轻轻放在柯南面前。
“柯南，别太累了，休息一下吧。最近你为了这些事忙得不可开交，要注意身体呀。”小兰温柔地说道。
柯南抬头，挤出一丝微笑：“谢谢小兰姐姐，我没事，只是觉得这件事背后肯定还有更深的秘密，不能就这么轻易放过任何线索。”
小兰心疼地看着柯南，知道劝他休息也没用，便叮嘱道：“那你要是有什么需要帮忙的，一定要说哦。”
小兰离开后，柯南再次陷入沉思。他突然想到神秘组织成员提到的一些模糊信息，似乎他们与某些海外势力有所勾结。联想到之前遇到的各种跨国犯罪案件，柯南觉得这可能是一个关键突破口。
与此同时，灰原哀在自己的秘密实验室里，对从神秘组织据点缴获的各种物品进行详细分析。她仔细研究那些奇怪的仪器，试图破解其中隐藏的技术秘密。在一台小型通讯设备上，她发现了一串加密代码。经过数小时的艰苦破解，代码终于被解开，显示出一系列坐标和时间信息。
灰原哀立刻将这一发现告知柯南。两人在地图上标记出那些坐标，发现大部分都指向一座偏远的海岛。
“这个海岛很可疑，这些时间信息看起来像是某种行动的安排。”柯南看着地图，眼神锐利。
“我觉得我们有必要去调查一下，说不定能发现更多与神秘组织相关的线索，或者背后更大的势力。”灰原哀说道。
柯南点头表示同意，但他们知道，贸然前往海岛太过危险，需要制定详细的计划，并且最好能得到国际刑警组织的支持。
于是，柯南和灰原哀联系了之前合作过的国际刑警组织成员，向他们说明了情况。国际刑警组织对这一发现高度重视，迅速展开调查，并制定了一个秘密行动方案。
几天后，柯南、灰原哀与国际刑警组织的精锐小队一同乘坐一艘伪装成普通渔船的船只，朝着海岛进发。在航行过程中，柯南一直观察着海面和周围的情况，以防被敌人发现。
经过几个小时的航行，他们终于接近了海岛。从远处看，海岛被茂密的植被覆盖，显得十分宁静，但柯南他们知道，平静之下可能隐藏着巨大的危险。
国际刑警组织队员们小心翼翼地将船停靠在海岛一处隐蔽的海湾。众人下船后，分成几个小组，按照预定计划，从不同方向朝着海岛内部进发。柯南和灰原哀跟随其中一组，沿着一条狭窄的小路前进。
一路上，他们没有发现任何异常迹象，但这种过于安静的氛围反而让柯南感到不安。突然，走在前方的队员发出信号，示意大家停下。原来，他们发现了一个隐藏的摄像头。队员们小心地避开摄像头的监控范围，继续前进。
随着深入海岛，他们逐渐发现一些人工建筑的痕迹。在一片空地上，有一座看起来像是临时搭建的大型仓库。仓库周围有几名守卫在巡逻，他们都穿着统一的黑色制服，手中拿着先进的武器。
柯南等人隐藏在附近的树林中，观察着仓库的情况。他们发现，每隔一段时间，就会有一辆小型货车从仓库后方开出，驶向海岛深处。
“看来这个仓库有问题，我们得想办法进去看看。”柯南低声说道。
经过一番讨论，他们决定先解决掉外围的守卫，然后潜入仓库。国际刑警组织队员们身手敏捷，很快就悄无声息地制服了巡逻的守卫。
众人顺利进入仓库，里面堆满了各种箱子。打开其中一些箱子后，他们惊讶地发现，里面装的竟然是新型的武器装备，还有一些类似于能量晶体的物质，与之前神秘组织使用的能量装置似乎有着某种联系。
“这些武器装备看起来很先进，而且数量不少，他们究竟想做什么？”一名国际刑警组织队员疑惑地说道。
柯南没有说话，他继续在仓库内搜索，试图找到更多线索。在仓库的一个角落里，他发现了一本记录册，上面记载着一些货物的进出信息和人员往来记录。
就在这时，仓库外突然传来一阵警报声。柯南心中暗叫不好，看来他们的行动被发现了。
“快，我们必须在敌人包围之前找到离开的方法！”柯南喊道。
众人迅速朝着仓库后门撤离，但刚到门口，就被一群武装人员拦住了去路。这些武装人员训练有素，立刻与国际刑警组织队员们展开激烈交火。
柯南和灰原哀躲在一旁，寻找着突围的机会。在混乱中，柯南发现敌人的火力主要集中在正面，侧面的防守相对薄弱。
“我们从侧面突围，吸引他们的注意力！”柯南对灰原哀说道。
说完，柯南拿出足球腰带，射出一个足球，然后用脚将足球踢向敌人侧面的车辆。足球撞击车辆后发生爆炸，引起了敌人的一阵慌乱。
国际刑警组织队员们趁机朝着侧面突围，与敌人展开近身搏斗。柯南和灰原哀也加入战斗，利用自己的智慧和技能，帮助队员们突破了敌人的防线。
众人朝着海岛深处逃窜，希望能找到其他出路。在逃跑过程中，他们发现了一个通往地下的通道。
“也许这个通道能让我们摆脱敌人。”柯南说道。
众人毫不犹豫地进入通道，通道内光线昏暗，弥漫着一股潮湿的气味。他们沿着通道小心翼翼地前行，不知走了多久，前方出现了一扇巨大的金属门。
金属门上有一个密码锁，旁边还有一些奇怪的符号。柯南仔细观察那些符号，发现与之前在神秘组织据点看到的符号有相似之处。
“灰原，你对这些符号有印象吗？”柯南问道。
灰原哀仔细看了看，说道：“这些符号好像是一种古老的密码系统，我在黑衣组织的一些资料中见过类似的，但具体含义还需要时间破解。”
就在这时，他们听到身后传来敌人追赶的脚步声。时间紧迫，柯南和灰原哀迅速回忆着之前关于这些符号的线索，尝试破解密码。
在敌人即将追上来的关键时刻，灰原哀终于破解了密码，金属门缓缓打开。众人急忙进入门内，然后迅速关闭大门。
门内是一个巨大的地下空间，摆满了各种高科技设备。在空间的中央，有一个巨大的屏幕，上面显示着一些地图和数据，似乎是某个大规模行动计划的布局。
“看来我们误打误撞，找到了他们的核心基地。”柯南说道。
他们开始在这个空间内搜索，希望能获取更多关于敌人计划的信息。然而，就在他们专注搜索时，屏幕上突然出现了一个人的身影。
“欢迎你们，柯南和他的朋友们。你们果然很聪明，能找到这里。但你们以为这就是终点吗？这只是我们计划的一部分。”屏幕上的人说道，他的面容隐藏在阴影中，声音低沉而冰冷。
“你是谁？你们到底有什么阴谋？”柯南愤怒地问道。
屏幕上的人冷笑一声：“我是谁不重要，重要的是，你们已经陷入了我们的陷阱。这个基地即将启动自毁程序，你们谁也别想活着离开。”
说完，屏幕上开始倒计时。柯南等人意识到情况危急，必须尽快找到离开的方法，同时还要阻止敌人的阴谋......