爆炸的余波如潮水般退去，哀牢山却陷入了诡异的寂静。林秋的能量体在消散的最后一刻，突然感受到一股熟悉又陌生的力量将他的意识包裹。当他再次“睁开眼”，发现自己悬浮在一片由数据流与血肉组织交织的空间中，四周漂浮着破碎的记忆残片——有749局基地的废墟，有小璃消散前的微笑，还有观测者首领崩溃时的狰狞面容。
“你以为结束了？”一个冰冷的声音从四面八方传来。林秋的“身体”瞬间被无数黑色触手缠住，这些触手表面布满细小的眼睛，每只眼睛都映出一个不同时空的末日景象：纽约被血肉城墙吞噬，东京铁塔扭曲成巨大的脊椎骨，而在所有画面的中心，都有一个戴着暗熵王冠的身影，正在将星球捏成肉泥。
“这是...熵寂领域？”林秋强行调动残存的力量，生死草之力在这片空间中变得极为微弱，只能勉强在触手表面灼烧出淡淡的焦痕。更可怕的是，他发现自己的意识正在被这些触手抽取，逐渐变得模糊不清。就在千钧一发之际，他胸前的火焰纹路蛊印突然亮起，一道金色光芒冲破黑暗，将触手尽数摧毁。
光芒散去，林秋看到了令他震惊的一幕——初代镇邪司首座的虚影正站在他面前。这位三百年前的传奇人物，此刻的形态却十分诡异，身体一半是血肉之躯，一半是流动的数据流。“林秋，你成功激活了逆熵之种，但观测者的阴谋远未结束。”初代局首的声音带着沧桑与急迫，“在宇宙的熵寂深处，存在着真正的暗熵之源，而观测者不过是它的傀儡。”
与此同时，现实世界中，苏河在量子战机的残骸中艰难爬起。他的身体虽然完好，但银色纹路却深深烙印在皮肤上，如同永远无法褪去的伤痕。小璃的虚影重新凝聚，逆熵之剑的碎片环绕在她身边，却比之前黯淡了许多。“林秋的能量波动消失了，但我能感觉到，他还活着。”少女的声音带着一丝不确定，“我们必须找到他，同时防范暗熵的下一次反扑。”
在他们说话间，749军临时基地的警报突然响起。监控屏幕上，哀牢山深处的十二处蛊印禁地，有三处重新亮起了诡异的紫色光芒。更令人毛骨悚然的是，那些光芒中隐约浮现出无数人脸，正是在血肉矩阵之战中牺牲的无辜者。“不好！暗熵在回收战场上的生命残渣，试图重组新的矩阵！”苏河的声音带着颤抖，他迅速启动基地的防御系统，却发现所有设备都在紫色光芒的照射下出现了严重的故障。
而在熵寂领域中，林秋跟随初代局首穿越了无数光怪陆离的空间。他们看到了被暗熵腐蚀的星系，那里的恒星不再发光，而是变成了巨大的血肉团块；他们也看到了被囚禁的宇宙意识，这些意识被改造成了暗熵的奴隶，永远重复着毁灭的循环。“暗熵之源想要的，是将所有存在都变成它的一部分，实现真正的熵寂。”初代局首指向远方一片漆黑的区域，“而那里面，藏着解开一切的关键。”
当林秋试图靠近那片黑暗时，无数暗熵生物从虚空中涌现。这些生物的形态千奇百怪，有的是由人类骸骨与机械零件拼接而成，有的则是一团不断变幻的黑色雾气，每一个都散发着令人绝望的气息。林秋握紧拳头，生死草之力与残存的逆熵能量在他掌心凝聚成一把光刃，刀刃上燃烧着金绿交织的火焰。
战斗一触即发。林秋在暗熵生物的围攻中左冲右突，每一次挥刀都能带起一片血雾，但这些伤口却能在瞬间愈合。更糟糕的是，他发现自己的攻击正被这些生物吸收，转化为更强的力量。就在他渐渐陷入困境时，初代局首突然将自己的一半数据流注入他体内。“用这些数据，破解暗熵的代码！”
林秋的意识瞬间被海量的数据淹没。他看到了暗熵生物的构造原理，发现它们的核心都有一个不断循环的毁灭程序。他集中精神，将生死草之力与数据流融合，在光刃上刻下逆熵代码。当光刃再次挥出，暗熵生物发出痛苦的嘶吼，身体开始出现裂痕，最终在金色火焰中化为灰烬。
但就在林秋以为胜利在望时，黑暗深处传来一阵低沉的笑声。一个巨大的身影缓缓浮现，它的身体由无数个宇宙的残骸组成，头部是一个巨大的黑洞，从中不断涌出暗熵能量。“卑微的蝼蚁，也想挑战熵寂的法则？”那身影的声音如同万千个星系同时坍缩，“准备好迎接真正的末日吧......”