熵蝶危机平息后，宇宙弦网络却开始出现诡异的“记忆褶皱”。阿依娜在例行检查中发现，银链监测器捕捉到的时空波动频率，竟与宇宙大爆炸初期的残余震荡完全一致。更令人不安的是，多个星系的历史档案馆里，关于对抗熵蝶的记录正被某种力量悄然改写，取而代之的是“熵蝶引导文明进化”的虚假记载。
林羽在共鸣学院授课时，归墟钥星尘突然不受控制地飞向高空，化作一座悬浮的沙漏，沙粒中不断闪现着被篡改的历史片段。无界之琴的虚影扭曲成螺旋状，琴弦上流淌着暗金色的能量，琴身浮现出古老的碑文：“当逆溯之墟开启，所有抗争都将成为虚妄。”他的意识深处，圣人虚影们的光芒变得忽明忽暗，声音充满恐惧：“这不是自然现象...是某个存在企图从根源上抹杀文明的抗争意志！”沈梦璃的镇魔剑剧烈震颤，剑身的无执剑意符文被暗金色纹路覆盖，剑柄处的星火即将熄灭。
星盟紧急组建“溯源特勤组”，却发现各文明的量子通讯网络中存在着无法追踪的“暗信标”。半人马座先知最后的预言石在启动时渗出黑色黏液，显现出模糊的画面：一个由无数齿轮构成的巨型装置正在吞噬时间，宇宙的历史长河出现断裂与重组。特勤组循着暗信标线索，找到了一片被时空乱流包围的神秘星域——“逆溯之墟”。
林羽带领特遣队驾驶“溯真号”深入墟境，飞船装备了由共生之剑与万相谱能量融合的“时序稳定器”，以及能解析历史篡改频率的“记忆锚定仪”。进入墟境后，舱内的时间流速变得极不稳定，队员们的记忆开始出现混乱：前一秒还在讨论战术，下一秒就陷入某个被篡改的虚假记忆场景中。阿依娜发现自己变成了熵蝶的信徒，沈梦璃则置身于一场从未发生过的胜利庆典，而林羽被迫面对“自己带领文明臣服于观测者”的幻象。
在逆溯之墟核心，一座由暗金色金属构成的“时间锻炉”悬浮在时空裂缝中央，无数条散发着幽光的管道连接着宇宙各处。黑袍人以时间具象体的形态现身，他的身体由流动的时间线组成，手中握着一把由破碎的历史片段凝聚的“溯命刻刀”。“你们以为战胜了熵蝶，就能改变注定的结局？”他的声音回荡着过去与未来的重叠，“逆溯之墟将重写宇宙的剧本，所有文明的抗争，都将成为被抹去的废稿。”
溯命刻刀挥动，时间锻炉释放出“历史逆流”，溯真号的时序稳定器开始逆向运转，记忆锚定仪的屏幕上不断跳出被篡改的历史数据。林羽的共生之剑自动出鞘，却在接触逆流的瞬间被腐蚀成碎片；沈梦璃的镇魔剑斩出的剑意被转化为篡改时间的能量；阿依娜的银链释放的净化波，反而加速了历史的扭曲。特遣队的队员们逐渐被虚假记忆吞噬，开始怀疑自己经历过的所有战斗是否真实存在。
“真实不会被轻易篡改！”林羽在记忆的混沌中挣扎，归墟钥星尘突然投射出全宇宙文明在不同时空留下的“真实印记”：远古人类在洞穴中留下的抗争壁画、外星种族在星际战争中牺牲的纪念碑、不同文明为守护自由签订的契约。他将苍生之力注入星尘，凝聚成一把由所有文明“扞卫真相的瞬间”记忆构成的“明真之戟”。戟身上闪烁着人类考古学家还原历史的执着、外星种族用基因镌刻真实的坚韧、不同文明在谎言中坚守真理的信念。
灵能诗人燃烧生命本源，吟唱能穿透时间迷雾的“真史长歌”；阿依娜解析出历史逆流的核心频率弱点——每次篡改都会在时间线中留下“真实残影”；沈梦璃以剑意斩断自身被植入的虚假记忆，施展出能修正时间的“正序十六式”。林羽高举明真之戟，在全宇宙文明追寻真相的意志共鸣下，刺向时间锻炉。
当明真之戟触及锻炉，黑袍人发出不甘的嘶吼，溯命刻刀崩解成飞散的碎片。逆溯之墟剧烈震动，时间锻炉的核心区域浮现出一个巨大的“历史篡改矩阵”，它疯狂吸收着宇宙各处的记忆能量，试图完成最终的改写：“在绝对的秩序面前，真相毫无意义！”
千钧一发之际，林羽感受到来自全宇宙的真实共鸣。那些未被篡改的文明，将守护历史的决心、对真相的渴望，化作稳定时间线的力量。地球的修道者以灵脉为引，编织出跨越时空的真实结界；外星种族送来蕴含记忆本源的圣物；硅基联盟贡献出能自我修复的量子历史数据库。这些力量注入明真之戟，戟身绽放出能照亮所有时间迷雾的光芒。
光芒与历史篡改矩阵激烈碰撞，产生的能量风暴席卷整个逆溯之墟。黑袍人彻底消散，时间锻炉在光芒中支离破碎。当光芒平息，被篡改的历史逐渐恢复原貌，被吞噬的记忆重新回到文明的集体意识中。但林羽知道，逆溯之墟的核心意识已化作无数微小的篡改因子，潜伏在宇宙的时间褶皱里。
溯真号带着疲惫的队员们返回星盟，各星系开始重建被破坏的历史档案。林羽的明真之戟化作星光融入宇宙弦网络，成为守护真实历史的永恒界碑；阿依娜的银链重新锻造，链身刻满对抗时间篡改的符文；沈梦璃的镇魔剑在修复中融入了“正序剑意”。他们明白，只要宇宙存在，守护真实与记忆的战斗，就永远不会终结。而在宇宙的某个时间缝隙中，暗金色的因子正在悄然聚集，等待着下一次用虚假覆盖真相的时机......