却说秦始皇帝嬴政自从天降陨石有字示警这件事情发生之后，就心事重重，仍然妄想徐福能东渡求来不死仙药给自己，妄想着自己能够长生不死地继续治理天下。
秦始皇三十七年（前210年）冬季，十一月，秦始皇嬴政第五次巡游，从咸阳出发，出武关（在今陕西省洛县西南丹江北岸），沿丹水（即汉江支流丹江）、汉水流域至云梦（在今湖北境内，地跨江、汉之间），又沿江东下，望祀虞舜于九疑山（一作九嶷山，又名苍梧山，在今湖南宁远县南）。浮江下，渡海渚，过丹阳，至钱塘（今杭州）临浙水，水波恶，及西百二十里从狭处渡。上会稽山（在今浙江绍兴市东南），祭大禹，望于南海（今东海）。大约面对古越大地时秦始皇颇生感慨，于是命丞相李斯刻石立碑于秦望山，所刻即《会稽刻石》。文云：
皇帝休烈，平壹（一）宇内，德惠攸（修）长。卅（三十）有七年，寴?（亲巡）天下，周览远方。遂登会稽，宣省习俗，黔首齐（斋）庄。群臣诵功，本原事速（迹），追道（首）高明。秦圣临国，始定刑名，显陈旧章（彰）。初平灋（法）式，审别职任，以立恒常。六王专倍，贪戾慠猛，率众自强（强）。暴虐恣行，负力而骄，数动甲兵。阴通间使，以事合从，行为辟方。内饰诈谋，外来侵边，遂起祸殃。义威诛之，殄熄暴悖，乱贼灭亡。圣德广密，六合之中，被泽无强（疆）。皇帝并宇，兼听万事，远近毕清。运理群物，考验事实，各载其名。贵贱并通，善否陈前，靡有隐情。饰省宣义，有子而嫁，倍死不贞。防隔内外，禁止淫泆，男女絜诚。夫为寄豭，杀之无辠（罪），男秉义程。妻为逃嫁，子不得母，咸化廉清。大治濯俗，天下承风，蒙被休经。皆遵轨度（度轨），和安敦勉，莫不顺令。黔首修絜（洁），人乐同则，嘉保泰平。后敬奉法，常治无极，舆舟不倾。从臣诵烈，请刻此石，光陲（垂）休铭。
立此刻石以后，秦始皇嬴政也没有久留，便即启銮北行，还过吴郡，从江乘渡江，又来到了海上，再至琅琊。始皇帝嬴政看见海上有大鱼，即发箭将鱼射杀。接着又沿海西行。
秦始皇嬴政一直想着徐福东渡把不死药带过来，但是这些年迟迟没有他的消息，却不知徐福早就在海外的岛屿扎根生活了下来。
秦始皇嬴政自从被骊山老母惩罚使脸上长疮之后，又遇上天降陨石有字示警的事情之后，就渐渐心神不宁而生起病来，白天坐卧不安，晚上的时候不得安眠，就连御膳也吃不下去了。白天的时候，秦始皇嬴政还勉强支撑着一些，可到了晚上的时候，秦始皇嬴政心神恍惚，言语说神见鬼的，胡言乱语的。随驾的御医大夫给秦始皇诊病看脉用药都没有效果，反正病情一天比一天严重。
左丞相李斯多次看望秦始皇，眼见秦始皇病笃，巴不得即日就到咸阳，于是急忙催赶着人马赶路。好不容易得至沙丘（今河北省广宗县大平台村一带），秦始皇的病情已然严重，眼见差不多就要归天了。沙丘尚存有故赵之行宫，至此处不得不暂时停下来休息乘舆，就借行宫住了下来。
秦始皇很厌恶谈论“死”，因此群臣中没有人敢于提关于死的事。待到秦始皇嬴政的病势更加沉重时，命中车府令、兼掌符玺事务的赵高和丞相李斯写诏书给长子扶苏说：“参加丧事处理，灵柩到咸阳后安葬。”
丞相李斯、中车府令赵高二人，依秦始皇嬴政之言草就圣旨，呈与始皇帝复阅，秦始皇已经痰气上壅，只是睁着眼看向对那旁边的玉玺和文书。左丞相李斯还以为始皇帝是留心察视，哪里知道始皇帝嬴政已经死去，只是双眼还没有来得及闭上。
毕竟中车府令赵高机灵，伸出手按了一下秦始皇嬴政的脖子咽喉之处，发觉皇帝嬴政已经没有了气息了，却不动声色，偷偷把玉玺和圣旨取了下来，将其藏在自己的袖子里面，方才和李斯说明秦始皇驾崩的情况。
丞相李斯一听，心里难免慌张彷徨，急着想办法料理秦始皇帝后事，也无暇顾着向赵高索要玉玺和圣旨文书了。而此时，中车府令赵高已经准备了一场惊天动地的阴谋了。秦始皇嬴政死的时候，刚好五十岁，一代祖龙暴君从此与世长辞了，在位一共三十七年，从吞并六国，自称呼为皇帝开始算起来，只有一十二年。
丞相李斯因皇帝在都城外病逝，唯恐各位皇子及天下发生什么变故，于是就秘不发丧，将棺材停放在能调节冷暖的凉车中，由始皇生前最宠信的宦官在车的右边陪乘。所到一地，上呈餐饭、百官奏报事务与过去一样，宦官即从车中接受并批复奏事。只有胡亥、中车府令赵高以及受宠幸的宦官五六个人知道其中的内情。
中车府令赵高素来得到秦始皇小儿子胡亥的信任，恰又怨恨蒙恬、蒙毅兄弟，于是劝说胡亥，让他诈称始皇遗诏命杀掉扶苏，立胡亥为太子。胡亥同意了赵高的计策。赵高又说：“这件事如果不与丞相合谋进行，恐怕不能成功。”随即会见丞相李斯，说：“皇上赐给扶苏的诏书及符玺都在胡亥那里。定立太子之事只在您我口中的一句话罢了。这件事将怎么办呢？”李斯说：“怎么能够说这种亡国的话呀！此事不是我们这些为人臣子的人所应当议论的啊！”赵高道：“您的才能、谋略、功勋、人缘以及获扶苏的信任，这五点全部拿来与蒙恬相比，哪一点比得上他呢？”李斯回答：“都比不上他。”赵高说：“既然如此，那么只要扶苏即位，就必定任用蒙恬为丞相，您最终不能怀揣通侯的印信返归故乡的结局已经是显而易见的了！而胡亥仁慈忠厚，是可以担当皇位继承人的。希望您慎重地考虑一下，作出定夺！”
丞相李斯听后，认为中车府令赵高说的有道理，便与他共同谋划，诈称接受了始皇的遗诏，立胡亥为太子，又篡改始皇给扶苏的诏书，指斥他多年来不能开辟疆土、创立功业，却使士卒大量伤亡，并且数次上书，直言诽谤父皇，日日夜夜地抱怨不能获准解除监军职务，返归咸阳当太子；而将军蒙恬不纠正扶苏的过失，并参与和了解扶苏的图谋。因此令他们自杀，将兵权移交给副将王离。
太子扶苏接到诏书，哭泣着进入内室，打算自杀。蒙恬将军见状，对他说道：“陛下在外地，并未确立谁是太子。他派我率领三十万军队镇守边陲，令您担任监军，这乃是天下的重任啊。现在仅仅一个使者前来传书，我们就自杀，又怎么能知道其中不是有诈呢？让我们再奏请证实一下，然后去死也不晚呀。”
但是使者多次催促他们自行了断，太子扶苏于是对蒙恬将军说道：“父亲赐儿子死，还哪里需要再请示查实呢！”随即自杀。蒙恬将军不肯就死，使者便将他交给官吏治罪，囚禁在阳周；改置李斯的舍人担任护军，然后回报丞相李斯、中车府令赵高。胡亥这时已听说自己兄长扶苏死了，便想要释放蒙恬将军。恰逢蒙毅代替始皇帝外出祈祷山川神灵求福后返回，赵高即对胡亥说：“先帝想要荐举贤能确定你为太子已经很长时间了，可是蒙毅一直规劝他，认为不可如此。现在不如就把蒙毅杀掉算了！”于是逮捕了蒙毅，将他囚禁到代郡 。
皇室车队于是从井陉抵达九原。当时正值酷暑，装载始皇遗体的凉车散发出恶臭，胡亥等便指示随从官员在车上装载一石鲍鱼，借鱼的臭味混淆腐尸的气味。从直道抵达咸阳后，发布治丧的公告。胡亥继承了皇位。
胡亥登基之后，将秦始皇帝葬在了骊山皇陵，让人把铜熔化后灌入，堵塞住地下深处的水。崐又运来各种奇珍异宝，藏满墓穴。还下令工匠制作带有机关的弓弩，遇到穿入靠近墓穴的人，即自动射杀。用水银做成百川、江河、大海，以机械灌注输送。墓穴顶部布有天文图像，底部设置地理模型。后宫嫔妃凡未生子女的，令她们全部陪葬。下葬以后，有人说工匠们制造隐藏的机械装置，知道其中的全部秘密，如果他们再作第二重机关，就会将其中的秘密泄露出去。于是待送终的大事完毕后，那些工匠即被尽数封闭在墓穴之中。
胡亥想要杀掉蒙恬兄弟二人，子婴规劝说：“赵王赵迁杀李牧而用颜聚，齐国田建杀他前代的忠臣而用后胜，结果最终都亡了国。蒙恬兄弟是秦国的重臣、谋士，陛下却打算一下子就把他们抛弃、除掉。似此诛杀忠臣而扶立节操品行不端的人，是在内失去群臣的信任，在外使将士们意志涣散啊！”但是二世不听从劝告，随即杀掉了蒙毅，并要杀内史蒙恬。蒙恬将军悲愤地说道：“我们蒙家自我的先人起直至子孙，在秦国建立功业和忠信已经三代了。如今我领兵三十多万，身体虽然被囚禁，但我的势力仍然足以进行反叛。可是我知道自己必定得死却还是要奉守节义，是因为我不敢辱没祖先的教诲，并表示我不忘先帝的大恩大德啊！”蒙恬说完，于是即刻就吞服毒药自杀身亡。