“生命为何如此脆弱？”
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年仅三岁的大蛇丸亲眼看着自己的父母死去，浑身害怕的颤抖。
他被赶来的木叶忍者接走，成了一名孤儿，长相阴柔的他因天生的蛇瞳被其他孩子所厌恶，直到六岁时，他进入忍校，优异的天赋开始凸显。
曾被三代火影称为：才华洋溢的少年，数十年才出现一个的天才。
他在忍校取得了不菲的成绩，成功被三代火影收入麾下，成为了他的一名弟子。
可因童年被欺压，被厌恶的阴影，害怕被情感伤害的他，始终不肯真心接纳自己的两个同伴，自来也与纲手。
后来，第二次忍界大战爆发，三人奔赴战场。
每天都有人在自己眼前死去，有木叶的人，也有敌人。
在一次行动中，三人小队落入险境，自来也因莽撞的性格落入陷阱已经重伤，纲手紧握着忍具的手也在害怕的发抖，大蛇丸冷冷看着两人，只身走出躲藏的洞穴，引走追来的忍者。
经过几天的周转，他反杀了这些忍者，此刻他也满身伤痕，血流不止。
大蛇丸以为自己要死了，他第一次说出了埋藏在心底的唯一疑问：“生命为何如此脆弱？”
赶来的纲手见到了昏死的大蛇丸，醒来后，大蛇丸的野心开始觉醒，他想要学会所有的忍术，掌握世间所有的真理，成为不死的存在。
为此，他开始走入一条不归路，没日没夜的学习忍术，了解忍术，开发忍术。
还与木叶的根志村团藏联手进行邪恶的人体实验，在这段日子中，大蛇丸了解到了表面光鲜的木叶原来还藏着那么多的阴暗事，这种虚伪，让他对木叶的归属感也开始出现动摇。
志村团藏说会帮助大蛇丸当上火影，到时候就能光明正大的研究更邪恶更神秘的忍术，大蛇丸觉得有趣就同意了。
只可惜两人的计划，被一个新人折断，他就是后来的四代火影波风水门。
战争结束了，大蛇丸的活体试验品也从敌军变成了木叶没人在意的流浪汉，消失的人多了，自然就被发现了。
猿飞日斩大张旗鼓的带兵冲到大蛇丸的研究基地，他如此做，是想给大蛇丸炸毁基地的时间。
猿飞日斩对自己爱徒做的事心知肚明，他没有去阻止，而是眼睁睁的看着大蛇丸越陷越深。
接到举报后，猿飞日斩知道大蛇丸被人发现了，他特意搞出大动作透露风声给大蛇丸，在他想来，以大蛇丸聪明的脑袋，肯定会摧毁实验室，完美脱身。
可大蛇丸早已受够了木叶的虚伪，而且他不想在躲躲藏藏的留在木叶进行实验，更何况晓组织已经找上了他，并且承诺只要大蛇丸加入晓组织就能为他提供实验的一切材料和金钱。
所以，他不但没有清理自己的罪证，还在实验室中等待猿飞日斩的到来。
闯入实验室的木叶忍者们看着那些恶心扭曲的实验体，从婴儿到老人，全都有。
木叶忍者纷纷心颤，愤怒，猿飞日斩也装出愤怒的表情，唾骂途中冲上前与大蛇丸交手，可他没有用出真正的实力。
大蛇丸阴柔的笑着，一掌将猿飞日斩打吐血，转身离开了木叶。
猿飞日斩捂着胸口，并未让人去追，他们的师徒关系，也就到此为止。
此后，大蛇丸加入了晓组织，弄死好几代搭档后与后来加入的宇智波鼬成了搭档，他对宇智波一族的写轮眼从未放弃过研究，更是在见过鼬施展万花筒写轮眼的时候兴趣大生，大蛇丸认为永生的秘密或许可以在写轮眼中得到。
他想抢走鼬的眼睛，而鼬只是一个眼神就让他落败。
可这并没有让大蛇丸灰心，反倒是对写轮眼的渴望更加迫切。
之后，大蛇丸对秽土转生的研究完成，他叛逃了晓组织开始在全世界寻找强大的尸体。
更是在中忍考试的时候发动木叶崩溃计划，他来此只有一个目的，让自己的老师猿飞日斩为保护木叶而死，再顺手带走鼬的弟弟佐助。
可大蛇丸没想到猿飞日斩竟然封印了他的双手，使得他无法结印。
被音忍四人众带走时，大蛇丸回头看了眼倒在废墟中的猿飞日斩，在心中与他告别。
一路逃到终结谷，在这里大蛇丸发现了宇智波斑的尸体。
随后，晓组织的蝎找上门来，让他参与开发一种毒药，据蝎说这毒来自神灵，大蛇丸从这些毒液中见识到了无与伦比的活力，这比写轮眼更让他着迷。
研究刚完成的毒液在风之国传播，短短数月就差点将风之国灭绝，大蛇丸其实是故意造出这种病毒，他的目的就是引诱纲手出来，两人在一同研究。
事情发展如他所料，并与纲手创造了第一代的基因觉醒药剂，也称返祖药剂，这种药剂能让血脉之力得到开发，但失败率无限接近于零。
有了觉醒药剂，大蛇丸开始疯狂研究人体基因，并克隆出大量的宇智波斑实验体，数量接近十六万，在这些实验体上大蛇丸成功得到了一个完美的实验体，她生来就有万花筒写轮眼，大蛇丸直接入住这具身体，并利用万花筒的力量吸收剩余实验体的眼睛后开启了永恒万花筒写轮眼。
这就是大蛇丸变成女人的缘由。
可她的永生夙愿还没有完成，而且他知道写轮眼之上还有更完美的轮回眼，因此大蛇丸主动接应宇智波带土，获取白绝从中提取出千手细胞，在利用千手细胞与宇智波斑的基因想要制造出生命力强大的克隆体，可结果是没有一个成功。
在她茫然之际，她突然想到胎生，她又开始了惨无人道的实验，失败几万次后，她明白了，dNA会排斥，所以她将目光放在了拥有宇智波血脉的佐助身上。
大蛇丸利用宇智波斑与千手细胞，在佐助的腹中孕育出一个胎儿，她终于成功了，可这胎儿一直在吸收佐助的生命，怕佐助死了，没有人帮她实验了，她就将这胎儿从佐助体内取出，放在温室里以无辜人的血肉来供养。
胎儿成熟后是个女孩，她长相极其精致，宛若洋娃娃，还拥有一双摄人心魄的金色轮回眼。
这女孩叫她妈妈，大蛇丸温柔的取走了女孩的眼睛后在她耳边留下一句话，便将实验室炸毁，没有一块碎石落在女孩的身上。
获得轮回眼的她能看到自然，阴阳，的力量。
她继续研究，在研究白绝时她猜到了晓组织的真正目的，复活神树。
为了永生，她渴求神树的力量，于是，她用自己进行实验，在注入大量白绝的细胞后终于在体内获得了一根脆弱的树枝。
树枝吸收白绝的生命力后开始成长，直到大蛇丸装不下它，这才选择彻底将自己与树枝融合，两者成为一体后，树枝变成了金色，还拥有轮回眼的能力。
成为神树后大蛇丸看到了自然的规律，以及一些星球的法则，她在万千法则中终于见到了生命的秩序，为此，她兴奋的颤抖。
她想要掌控法则，改写法则，而办法只有一个就是与星球同为一体，而神树就有这个能力，她开始渴望长大，可如今的树苗弱小无比，她也不敢出面，只得让下属打工抓来猎物供她吸收，更是用言语说动了两个实力强大的打工仔。
不过，她需要更多的食物才能成熟，特别是尾兽，吃掉六尾的时候，她居然得到了饱腹感，于是她盯上了晓组织的神树。
在月之眼计划启动的时候，她就已经从基地来到了沙漠，血祭两个衷心下属释放出无解瞳术，牵制宇智波斑。
正在她准备吸收神树的时候被日向雏田阻止，只能亲眼看着无限月读发动成功，不过，无限月读发动后，更美味的食物出现了！