在大山深处，坐落着一座SRc秘密科学研究所，这里所研究出的设备与武器都会输送防备军与精英队手里，这天深夜研究所的泽口博士，正在进行了一项黑科技的研究。
只见他将苹果放入转化器之后，就消失不见了，而就当他为实验的成功感到高兴之时，意外也就此发生。
泽口博士高兴的开口道：“太好了！”话刚刚说完，转化器上突然出现一名外星人。
“啊！”
另一边，武藏正在带着自己的巴贡准备回精英队基地，今天早上他送巴贡去附近的修理厂维修，到了晚上他才有空接巴贡回去。
正巧因为他的路线距离泽口博士所在的研究所很近，于是作为泽口博士的老相好，日普队长便让武藏代替自己去看望一下她。
之后武藏便猛踩油门来到了研究所的附近，而就在这时，武藏隐隐的察觉到了，有人在暗中监视着自己，有着职业敏感的他果断下车步行。
突然背后的巴贡突然发声：“提高警戒！提高警戒！”
“怎么了？”武藏刚问了，突然就发现了一个外星人从树干后出现，武藏连忙拿出枪来，躲在一旁的大树下，准备攻击。
不过还是外星人率先开始攻击，武藏立马躲避着攻击，并且开始反击，不过敌人的移动速度实在太快了，武藏的攻击完全打不到它们的身上。
“那些是异次元人吉吉！”
意识到情况危急，武藏并没有选择与吉吉星人们战斗，他决定还是先进入研究所，确定泽口博士的安危，而就在这时，发现情况不对劲的队长和副队长也赶了过来。
“武藏队员？”
“队长！”
日普询问道：“怎么了？”
武藏回应道：“吉吉国王出现了！”
日普队长难以置信的开口：“什么？吉吉那些人又出现了吗？”
三人连忙跑向研究所，准备去查看泽口博士的情况。
武藏焦急的开口：“快开门！”边说也边拍着大门
“泽口在不在？”
“快开门呐！”
然后就是一阵脚步声，三人回头看去，只见三人吉吉星人正向着研究所靠近，三人连忙拿着枪对准他们，突然研究所的大门打开了，武藏和日普队长都被门打中了。
三个人来不及多想，直接跑进了房中，随后立马将大门关闭了，而那些吉吉星人想要进入研究所，却被一层屏障给阻止了，无法进入。
待武藏等人进来之后，他们也总算是看见了泽口博士，好在此刻的她就活生生的站在面前，所幸没有遭受任何危险，日普队长这才松了一口气。
随后泽口博士便带着三人前往研究所的地下室中，他们在地下室突然看见了一名吉吉星人，瞬间紧张了起来，立刻拿着枪对准了他。
泽口博士立刻阻止道：“等等！这个人跟外面那些不一样！”
日普队长回应道：“在我看来，他们长的根本就是一样的！”
“你少根筋分辨不出来了！这位是吉吉博士x1001。”
随后这位吉吉星人为了自证清白，他使用语音转换器，向大家讲述了这一次吉吉星人再次出现的原因。
“我想你们也许已经知道了，我们的次元空间面临着崩溃的危机，我们这些科学家提出的建议是努力的寻找新的次元空间，可是那些军人却表示，他们决定再一次对原来找到的地球进行侵略计划。”
“可以把数百，不！可以把数千亿的机器人在瞬间移转空间的巨大系统，就在这间研究室的附近山中快完成了。”
武藏焦急道：“那你要尽快破坏它！”
“以人类的科学力是不可能办到的！眼下只有我自己才能够阻止这场危机。”
如今距离传送装置开启时间只剩下3个小时，于是精英队开始想办法，怎么将吉吉博士带到传送装置的面前，要知道此时的研究所的外头，已经围满了吉吉星人。
一旦私自跑出结界被他们发现，那么届时众人都将陷入危险，可是眼下精英队已经别无选择。另一边的雨晟也感应到了，这片区域的不对劲，有着一股异常空间反应，于是也向着这里来了。
一大早，武藏便拉着伪装成吉吉星人的副队长跑了，随后吉吉星人就跟着武藏他们跑了，另一边，日普队长和吉吉博士则是被缩小后由着巴贡带向目的地。
画面回到武藏这边，三位吉吉星人合为一体后，巨大化向着武藏所驾驶的车辆，发起了猛烈的进攻，在随后武藏的风骚走位后，车子最后开进了坑里。
意识到情况危急，此时武藏让副队长赶去支援日普队长，自己则是趁机变身为高师傅迎敌。
正所谓仇人相见分外眼红，吉吉星人在看到高斯后，就迅速向其发动了猛烈的进攻，一道又一道的光线攻击，还好高师傅身法灵活，及时躲开一波又一波攻击。
在随后的过程中，高斯突然想起了自己在第一次与吉吉战斗之时，精英队发现了他的弱点在头部，于是高师傅立刻飞向吉吉的上空，打出一发光线攻击，想要一击摧毁他。
可是这一次敌人完全是有备而来，不仅仅抵挡住了攻击，还反射光线攻击打中高斯，随后高师傅还从高空坠落，随后吉吉星人解除了合体，三个人各发射一道光线将高斯束缚住了。
高斯整个人就被三个吉吉星人完全控制住了，与此同时日普三人也赶到了目的地，但是他们也看到了高斯已经被控制住了，吉吉博士开口道：“被重粒子光线射中，任何人都撑不了几分钟！”
就在此时雨晟赶到了这里，雨晟立刻拿出流星枪和胜利海帕枪，首先使用胜利海帕枪发射哥尔赞火球，随后发射捕获之炬，瞬间一个吉吉星人就被打成了重伤。
日普队长等人惊讶的看着出手的雨晟，不仅仅是感叹雨晟手中的枪，更是好奇雨晟的身份。高斯也趁此机会立刻将剩下的光束给睁开了。
随后三位吉吉星人立刻发射头部光线攻击高师傅和雨晟，高斯立刻张开屏障抵挡住了这一次攻击，随后三位吉吉星人再次合体。
三位合体的吉吉星人发射出合体版头部光线，高斯则是使用伊发内巴斯特光线应对，雨晟见此情况也使用胜利海帕枪发射芝顿光弹攻击吉吉星人。
吉吉星人在雨晟和高斯的联手攻击下，结束了自己的生命，随后高师傅将目标瞄向了异次元传送装置，好在吉吉博士出面解释。
他恳求高斯不要破坏装置，而他则会将装置关闭，让数以万计正在迁移过来的吉吉星人前往除地球以外的其他地方，最后高斯放过了吉吉星人。
而博士作为吉吉星人的代表，他承诺自己永远都不再造访地球，一场种族战争就此平息，不过雨晟知道这个博士回去后他自己的情况可能会糟糕。
所以雨晟将一道时空之源的力量结晶碎片交给了他，有了时空之源的力量，再凭借他们的科技或许能够阻止异次元空间的崩溃。不过这个行为自然是暗中做的，只告诉了吉吉博士。
吉吉博士看着雨晟离开的方向十分感谢，毕竟他能够感受到这力量结晶的不凡，或许真的能够帮助自己的种族，暗暗的感谢雨晟。