莉子自从经历过这次事件后，心中隐隐发现自己的身体似乎还有另一个存在，而沟吕木也准备开始自己的黑暗计划了。
当天晚上，莉子从医院的床上突然醒来，冥冥之中有人在呼唤着她，她起床后缓缓走近窗户，拉起窗帘。
一道声音响起：“你是人偶！”
莉子惊恐道：“你是谁？”
“你是我所做的，漂亮的人偶！”
“是谁？”
随即莉子看向玻璃，只见玻璃上出现了浮士德的身影……
第二天，医院通知了首藤长官来了医院，因为有重要的事情跟她说。
“长官！让你特地赶来，真的抱歉！上次被保护起来的那名女性，稍微有点在意的地方！”
“斋田莉子怎么了？”
“她的检测结果的数据。”
首藤微微惊讶：“还真是很有趣的结果！免疫性判定+90，这样的话也足够进夜袭队了！”
随即首藤看到一个惊人的数据：“恒河猴因子蛋白为7000？”
“等等！这个是不是出错了？”
“不，全都是正确的！”
“这不可能！如果这些都是真的话那她……”
话还没有说完，一声“首藤长官！”打断了她的话。
“斋田莉子在病房里消失了！”
“你说什么？”
而此时的孤门也接到了这个消息，立刻就赶来医院了。而莉子此时回到了自己的家中，整个家中黑暗压抑，直至房门被她的弟弟打开，莉子才松了口气。
“姐姐！”
“隆！”
“妈妈爸爸，姐姐她回来了！”
莉子缓缓走进房间，父母立刻走近高兴道：“欢迎回来莉子！退院比想象中的，还要早吗？”
莉子眼含热泪，用力点点头，随即低下了头。父母见此，立刻安慰道：“怎么了？发现了什么事？”
“发生了，一点可怕的事！”
“真是可怜！哎呀，这不是还在抖吗？”
“没事的，已经没有什么好怕的事了！”
“没错，因为姐姐你还有我们这些家人啊！”
莉子听到此话，高兴了起来说道：“是啊！我还有这样美好的家人存在！”
而此时的首藤沙耶通过设备，查到了莉子一家人的消息，他们已经消失很久了。
而此时的莉子正在和自己的“家人”聊起了自己的男朋友，一片祥和的景象，直到莉子突然想到：“对了，给孤门君打个电话才行！因为我和他约好了要给他介绍我的家人！”
莉子微笑着，脸上充满了幸福的感觉，可是她缓缓抬起头来，疑惑道：“孤门君是谁啊？我又是谁？为什么会一个人孤零零的呢？”
只见周围的环境变化了，那有什么家人，只有一个空荡荡的房间，除了莉子，什么人都没有！
莉子茫然无措道：“妈妈在哪里？爸爸在哪里？”随即哭泣道：“好可怕啊！大家，为什么只把我一个人留在这里？”
随即莉子悲痛欲绝，尖叫了起来，只见远处的落地镜中缓缓出现了浮士德的身影。
“怪物！”
浮士德缓缓从镜子里走了出来，慢慢靠近莉子，莉子无助的后退还说着：“别过来！别过来！别过来啊！”
话分两头，孤门终于到达了医院，正准备进去询问情况，就在此时首藤说道：“如果找斋田莉子的话，已经不在这里了！无论是被人带走，还是凭借自己的意识逃走！总之，她从这个医院里消失了！”
孤门听这话，立刻走近说道：“莉子，不知道被谁给盯上了！都是因为我！”
孤门说完就准备去找莉子，首藤立刻叫住他：“你打算去哪里？”
“去找她！”
“再怎么找也是没有用的！虽然已经确认过一次了，但是现在已经发出了她不在这里的报告了！”
孤门坚定道：“我不信！我要用自己的眼睛再确定一次！”
首藤见此只能无奈道：“你，有去过她家吗？”
“那个……”
随即，首藤从手中拿出来一张纸条并说道：“这是地址！”
孤门见此，立刻就前去莉子的家中，一旁的工作人员道：“首藤队长！这样好吗？”
“他有知道真相的权利！”
而此时的准哥也感应到了黑暗的力量，随之赶来孤门所在地，雨晟自然也发现了，想要帮助孤门除非先让莉子摆脱黑暗的掌握，之后使用系统留下的功能为其注入力量维持生命。（系统之灵虽然离开，但是留下原来的功能）
对此雨晟也只能先让准哥做恶人了，然后做好人啦。就在此时，孤门也终于开车赶到了莉子家楼下，不过却因为见到了一个黑色巨人，被迫停车。
孤门惊讶道：“黑暗巨人！”
此时的基地中，西条凪走近指挥室，却发现只剩下了石崛一人，不由得问道：“其他人呢？就你一个？”
“哎！”
“孤门队员呢？”
“一大早就出门了，现在还没回来！”
西条凪惊讶道：“还没回来？”
此时石崛将图片展示并说道：“可能是因为这个原因！”只见屏幕上显示着：“失去最重要的人！”
这时的孤门已经下车，用脉冲枪对着浮士德并说道：“给我滚开！”
“滚开！”
“人类啊！你们没有选择的资格！”
“什么？”
“全都是没有用的！接受命运，遵从我们吧！”
“住口！你把莉子藏在哪里？把莉子还给我！”
孤门边说边开枪，不过被浮士德轻易抵挡，随即缓缓道：“莉子？那个女人就快消失了！”
孤门不解道：“到底是什么意思？”
浮士德没有回应，只是缓缓道：“你也一起消失吧！”
随即从手中发出光弹攻击，就在此时准哥赶到，施展屏障为孤门抵挡住了攻击。
孤门惊讶道：“姬矢先生！”
基地中的西条凪和石崛也在调查给孤门发消息的来源，最后锁定就在基地的附近，自然就是沟吕木真也了。
话分两头，浮士德见到准哥说道：“你终于现身了！奥特曼！”
准哥见此对着孤门道：“快去！”
“但是！”
“快点！浮士德是我必须打倒的对手！”
随即准哥就变身为奥特曼了，浮士德道：“给我毁灭吧！”
随后便发射手中光刃攻击准哥，准哥在手中展开屏障抵挡了攻击，随后便化身为红色形态，施展美塔领域将两者包围住了，孤门见此情况也只能离开，前去找莉子了。